La figura di Santo Stefano ha sempre beneficiato di un culto molto sentito sia presso i fedeli cattolici che protestanti ma anche dagli ortodossi, anche se la sua vita è poco documentata dal canone biblico. Nonostante si tratti del primo martire cristiano (o protomartire) e anche del protodiacono. Stefano nacque forse in Grecia negli anni che precedettero la nascita di Cristo, ma non vi sono certezze né sulla data né sul luogo esatti. In ogni caso, fu il primo dei sette diaconi scelti dagli apostoli di Gesù (da qui il titolo di protodiacono).
A Castellammare, il primo luogo di culto fu la Grotta san Biagio, in seguito venne abbandonato, ciò verosimilmente a seguito del concilio di Acquisgrana del 779 in base al quale fu decretato di “cancellare” le icone in cui veniva raffigurato il quarto arcangelo Uriel (ancora presente nell’ipogeo).
Nel 982 viene annotato nella cronotassi dei vescovi di Stabia un non meglio accertato Stefano.
Nella zona dell’antico terziere delle Fratte, nei pressi del Castello, fu fondata nel 1144 la prima chiesa intitolata a Santo Stefano, per volere del nobile stabiese Stefano Certa “ figliuol di Marino dice il Capaccio trovarsi sotto Re Ruggiero, il quale un tempio a S. Stefano protomartire edificò”. Giovanni Celoro Parascandolo nel suo libro “Castellammare di Stabia” del 1965 ne fa riferimento riportando: “E’ situata nel luogo detto “Le Fratte” presso il castello”. Questa notizia è riportata nel secondo volume del Capaccio “Historia Napolitana” del 1771.
Nel 1901 Giuseppe Cosenza, in “Napoli nobilissima” fa riferimento invece ad un quadro scomparso che poi fu sostituito nel 1978 da un’opera del pittore stabiese Giacomo Filosa: “ Un mediocre Santo Stefano nella chiesuola omonima alle Fratte poco lungi dalle pittoresche rouine dell’antico castello”.
All’interno della chiesa è presente una cantoria ed un confessionale in legno, mentre la pavimentazione è composta da piastrelle vietresi. Il tempietto custodisce una statua di Sant’Antonio di Padova, una scultura lignea di sant’Anna ed un crocifisso ligneo di inizio XVII sec..
La storia di questo crocifisso è stata molto tormentata, ciò è riportato sul retro di un calendario tascabile datato “Anno Domini 1951”: “A Castellammare di Stabia presso Quisisana si venerava un antico Crocifisso della grandezza naturale, ritenuto da tutti un’opera d’arte. Era posto da tempo immemorabile in una edicola nel mezzo di una strada, detta Cognulo. Quante generazioni sono passate per questa via, ed hanno sostato davanti al SS. Crocifisso recandogli l’omaggio della loro pietà e devozione! Toccava alla nostra povera generazione di vedere oltraggiato, vilipeso e profanato un Crocifisso così devoto. Infatti, in un giorno di maggio del 1948 lo si vide gettato per terra, staccato dalla croce e con le braccia e i piedi spezzati. Ne fu fatta denuncia a S. Ecc. Mons. Federico Emanuel, Vescovo di Castellammare, il quale ordinò di provvedere per il restauro del Crocifisso e di rimetterlo nell’antica edicola, dopo una solenne funzione riparatrice. Così è stato fatto, mà non trascorse neppure un anno che il Crocifisso fu nuovamente profanato e in un modo peggiore. Allora il Vescovo ordinò di rimuovere il Crocifisso dal luogo e di portarlo nella vicina chiesa di S. Stefano, incaricando il Padre Eremita del Monte Faito di farne una degna riparazione. La riparazione è stata fatta, in una forma piuttosto privata. Il Padre Eremita non contento di tale povero omaggio fa ora riprodurre il Crocifisso di Quisisana, per diffonderlo e farlo venerare da tanti fedeli cristiani. Chi negherà a questa immagine un bacio di riparazione per gli oltraggi ricevuti? Si raccomanda un’offerta all’eremitaggio del Monte Faito (Napoli) indirizzando alla Zelatrice Itala Filosa via san Basile, 30 Quisisana Castellammare di Stabia (Napoli)”.
La chiesetta oggi versa in uno stato precario e avrebbe bisogno di interventi di restauro e messa in sicurezza. Viene aperta solo tre volte l’anno nelle seguenti ricorrenze: il 26 dicembre (Santo Stefano), il 13 giugno (Sant’Antonio di Padova) e il 26 luglio (festività di Sant’Anna).